心靈部隊和克拉克總統的政府發現了埋藏在地球太陽系中的暗影飛船，并開始利用這些飛船的先進技術。克拉克政府的排外主義和極權主義日益盛行，并以軍事事件為借口宣布戒嚴。這引發了火星的獨立戰爭，而火星長期以來與地球的政治關系一直緊張。巴比倫5號也宣布脫離地球獨立，其他幾個地球聯盟的外圍殖民地也宣布獨立。作為回應，地球聯盟試圖用武力奪回巴比倫5號，但在與空間站結盟對抗日益增長的暗影威脅的明巴利人的幫助下，這次進攻被擊退。