繁華大都會美國紐約，邪惡領袖施萊德率領的大腳幫在城市內為非作歹，甚囂塵上。安保公司老板埃里克·薩克斯（威廉·菲德內爾 William Fichtner 飾）推出最新安保系統，發誓維護城市的和平。第6頻道女記者愛普爾·奧尼爾（梅根·福克斯 Megan Fox 飾）偶然拍到大腳幫被四名神秘俠客挫敗的畫面，在第二次遭遇非常事件時，她驚訝地發現四名俠客竟然是變異后的巴西龜：拉斐爾、列奧納多、米可朗基羅、多納泰羅。忍者神龜的名字勾起了愛普爾兒時的記憶，當年她的父親與薩克斯正是研究生物變異實驗的伙伴。她將這個消息告訴給薩克斯，可是在和忍者神龜及其老師斯普林特會面后，才發覺薩克斯與施萊德是這座城市內的罪惡之源……